Mittels Pumpe wird der stabilisierte Wein über ein Schlauchsystem aus dem Tank zunächst durch ein Filtersystem aus Zellstoff und anschließend genau dosiert in die gereinigten 0,75l fassenden Flaschen gefüllt. Auch wenn die Füllmenge i.d.R. einheitlich ist, muss die Abfüllanlange zunächst immer auf die Flaschengröße und Form angepasst werden. Lang, schlank, bauchig, etc... Flaschenformen variieren je nach Inhalt und Kreativität des Winzers. Die letzte vorgelagerte Filtrationsstufe, die der Wein unmittelbar vor der Flaschenabfüllung durchläuft, ist vor allem bei frischen Weißweinen sinnvoll. Sie wird genutzt um letzte Trubstoffe aus dem vergorenen Rebsaft zu filtern und dem Wein im Glas einen klares und sauberes Aussehen zu verleihen.
Besonders bei Rotwein findet sich manchmal der Hinweis "unfiltriert" auf der Flasche. Ein Indiz dafür, dass sich Sedimente und Trubstoffe im Wein eher über einen längeren Zeitraum natürlich absetzen und vor der Flaschenfüllung nicht über ein Sieb gefiltert werden. Sie lassen den Wein etwas dichter und matter erscheinen, sind aber auch Teil der Aromenvielfalt im Produkt!
Ist der Rebsaft in der Flasche, wird unter Einfluss eines Vakuums verkorkt (oder verschraubt). Dieser Schritt ist wichtig, um die restliche Luft in der Flasche zwischen Wein und Flaschenöffnung zu entziehen. Wein ist ein Naturprodukt und reagiert mit Sauerstoff. Die Reaktion ist für den Gärprozess des Jungweins und die Reifung auf der Hefe durchaus wichtig, führt jedoch in der verschlossenen Flasche zur unerwünschten Oxidation. Die Folge ist, dass der Wein seinen jugendlichen und frischen Charakter innerhalb kürzester Zeit verlieren würde bzw. nach wenigen Tagen ungenießbar wäre.